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上海站 | TCGA高通量数据挖掘研究技术会议(颁发《生物信息工程师》证书)

 楼主| 大椿mmm 发表于 2019-10-22 14:23  
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本帖最后由 大椿mmm 于 2019-10-22 14:28 编辑

TCGA高通量数据挖掘研究技术会议
各企事业单位:
    癌症是临床医学中非常重要的疾病方向。TCGA数据库中包含了常见了40种癌症方向(含30000个样本)的高通量数据及临床信息。大家对TCGA数据库的使用近几年也在逐渐增加。因此,需要我们自己掌握高通量数据挖掘的能力以及逻辑性的生信分析思路,从海量信息中获得自己想要的关键基因!
    随着大数据时代的到来,各种生物类公共数据库井喷,其中就包括癌症领域熟为人知的癌症基因图谱The Cancer Genome Atlas (TCGA)数据库。临床科研人员有没有一种方法可以不做实验不查病史,直接调用现有数据发表SCI论文呢?癌症公共数据库即提供了这样的可能。本次学习班讲授癌症领域熟为人知的癌症基因图谱The Cancer Genome Atlas(TCGA)数据库。TCGA由NCI牵头,作为美国攻克癌计划的一个大项目,系统提供了癌症多组学测序和芯片数据,包括Gene expression, DNA methylation, Copy Number Variation, Mutation等结果,同时也附有相应各测序样本的完整临床资料。TCGA为肿瘤基础医学和转化医学研究者提供了海量的基因组数据和与其关联的临床数据,这为挖掘有意义的基因组变化和发现影响肿瘤起始、发展、分化、转移等生物学机制提供了海量数据基础。
一、时间地点:
2019年11月22日--11月24日        上海 (第一天报到,授课两天)
二、学习目标:
通过整整两天的培训,掌握TCGA数据库的使用、下载及分析思路和实用操作知识点。
1:TCGA数据下载与临床数据清理
2:差异表达分析、火山图、pathway分析
3:TCGA临床数据基线分析及功能富集分析
4:生存分析,生存作图
5:临床预测模型建构
三、主讲专家:
    主讲老师汤教授,从事生物统计学,高维数据分析,贝叶斯统计学,TCGA及SEER等癌症数据库研究多年。系美国阿拉巴马大学伯明翰分校生物,统计系访问学者,中国卫生信息学会卫生统计理论与方法专业委员会委员,国际生物统计学会中国分会会员。国家自然科学基金通讯评审人,是多个国际SCI杂志的审稿人。对于R软件及对于论文撰写发表等方面,有极为独到深刻的理解。和SCI文章速录对这些数据进行分析,并从临床角度出发,把测序数据与临床资料相结合,为临床医生提供科研思路,为自身科研服务。
    主讲老师先后主持国家自然科学基金3项,在国际主流学术期刊《Bioinformatics》、《Heredity》、《Genetics》、《BMC Bioinformatics》等杂志上发表论文40余篇。参编专著《生物等效性试验实用指南》一部,获得2012年教育部高等学校科学技术进步奖1项。汤老师讲课风格幽默,对待学员认真负责。深得广大学员的一致好评。
    汤老师寄语:鼓励大家带着具体的课题和研究前来参会研究探讨,这样会有更好的授课效果。本次会议我们将着重学习高通量数据挖掘的能力以及逻辑性的生信分析思路,从海量信息中获得自己想要的关键基因!欢迎大家前来参会!另祝我们此次在上海的会议圆满成功!
四、课程大纲:
时间安排
教学内容
具体介绍
第一天上午
1R语言介绍
R语言介绍
第一天下午
2,TCGA数据库介绍
3,T CGA数据下载与临床数据清理
4,表达数据下载与清理
TCGA数据库:最全的癌症高通量数据公共库(简介)
TCGA数据库的产生过程
TCGA数据库的介绍和使用(包含了转录组、基因组、表观组和临床信息数据)
TCGA数据库癌症数据下载:
RNA-seq数据、miRNA-seq数据、甲基化数据、基因组数据及临床信息数据的下载TCGA数据库癌症数据的处理
获得关键mRNAmiRNA的表达谱矩阵。
第二天上午
1, 差异表达分析,
2, 火山图,pathway分析
3, TCGA临床数据基线分析
4, 多元Logistic 回归,
TCGA数据分析
突变分析
差异分析
关联分析
功能富集分析
GO富集
KEGG pathway富集分析
基线分析
火山图
第二天下午
5, 生存分析,生存作图,
6, 缺失值处理
7, 预测模型构建。
生存分析,获得生存曲线图(KM曲线,分为临床因素和基因表达两种KM曲线)
交互作用,放疗敏感性分析
在电脑上快速完成从头到尾的一套数据实战
基于一整套流程的思路演练
现场答疑。
五、参会费用:
A类:3200元/人(含会议费、资料费。食宿可统一安排,费用自理)
B类:4700元/人;(生物信息工程师证书于会议结束后三十个工作日内邮寄。)
参加B类培训学员可获得由国家职业资格考试认证中心颁发的生物信息工程师证书,该证书全国统一认证使用,联网注册。该证书不仅是对您职业技能的肯定,更对您职称评定、就业求职、晋升加薪等方面有很大帮助。并可作为您的专业技能凭证及法律公正
注:参加B类培训学员请提前准备身份证复印件、学历证明复印件各1份,2寸蓝底证件照4张;请于照片背面标注姓名,于会议现场交给会场工作人员。
优惠方式:
1、11月5日前报名学员,减免200元;
2、三人组团报名,每人优惠500元或额外免费赠送一个参会名额。(3+1)
3、学生凭借有效在读证明优惠200元。


报名方式等更多信息请查阅附件正式文件


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